Az egészséges női intim flóra élettani esetben, biológiai egyensúlyi állapotban van, és természetes védőmechanizmussal rendelkezik a különböző fertőzések kivédésére. A hüvely bonyolult ökológiai rendszerének legfontosabb elemét, ami a hüvely baktériumflórájának domináns részét alkotja, lactobacillusoknak hívjuk, amelyet 1982-ben Döderlein fedezett fel, ezért Döderlein flóra néven is ismerhetjük.
A lactobacillusok a hüvelyhámban lévő cukorból (glikogén) tejsavat képeznek, ezáltal savas közeget teremtenek, amiben a fertőző mikroágensek nem tudnak szaporodni és megtelepedni, így tartva fent a biológiai egyensúlyi állapotot a hüvelyben. Vannak olyan törzsek közöttük, melyek immunanyagot is termelnek a kórokozók ellen, és ez által az immunrendszer működését is befolyásolják. Valamint léteznek olyan törzsek is, amelyek nagyobb kötődési képességgel rendelkeznek a gyorsabb és hatékonyabb megtelepedésért. A hüvelyflórában ilyen lactobacillus törzsek például: a L. crispatus, L. rhamnosus, L. gasseri, L. jensenii, L. acidophilus, L. vaginalis, L.fermentum, L. casei.
Az egészséges női hüvelyben a tejsavbaktériumok (lactobacillusok) vannak túlsúlyban, előfordulási gyakorisága 90-95%, a tejsav koncentrációja pedig 2-3%, ami savas közeget jelent.
A jótékony lactobacillusok mellett a hüvelyben azonban számos ún. patogén kórokozó – baktériumok és gombák – lehet jelen anélkül, hogy bármilyen panaszt vagy tünetet okozna. A hüvely anatómiai helyzete és funkciója ad magyarázatot arra, hogy a gát és a végbél felől, továbbá a szexuális partner részéről állandó bakteriális kontaminációnak van kitéve. Így a normál bélflóra és a bőrön lévő mikrobiológiai ágensek (baktériumok, gombák, vírusok) a hüvelybe bekerülve a hüvelyhámban kolonizálódhatnak.
Az egészséges női flóra jótékony baktérium törzsei, fontos szerepet játszanak a szervezet infekciók elleni védekezésében.
A hüvely a bélflórához hasonlóan egy rendkívül érzékeny biológiai rendszer, amelyben a jó és rossz baktériumok a női szervezettel „békésen egymás mellett élnek”. Ez az úgynevezett endogén vagy saját baktériumflóra nem állandó, hanem folyamatos változásban van, melyet számos tényező befolyásol.
A hüvelyi baktériumflóra összetétele időről időre változik, függ például az életkortól, a hormonális állapottól: másként alakul a terhesség alatt, a gyermekágyban, vagy a termékeny időszak előtt és után, sőt egyetlen ciklus során is változhat. Ezen kívül az alkalmazott fogamzásgátló módszer, és az intenzív szexuális együttlét is hatással van az érzékeny egyensúlyra.